Anubis, một gã phù thủy xấu tính, bỗng dưng tỉnh giấc sau 5000 năm ngủ say và giống như bao kẻ ác khác, hắn quyết định đi phá hủy thế giới. Điều đặc biệt là hắn đã có trong tay Vật phẩm Thiên niên kỷ thứ 8, Kim tự tháp Ánh sáng (chả khác gì phiên bản màu xanh của Câu đố Thiên niên kỷ) để trợ giúp cho âm mưu xấu xa của mình. Để đối phó với gã này, Yugi và đám bạn phải lặn lội vào bên trong Câu đố Thiên niên kỷ nhằm đánh bại hắn, đồng thời cũng phải chiến đấu với đủ loại xác ướp trên đường đi.
Yugi là một cậu học sinh cấp ba không nổi bật, thường xuyên bị bắt nạt. Một ngày, ông của cậu, người quản lý cửa hàng trò chơi, đưa cho Yugi một câu đố cổ điển có tên gọi “Câu đố thiên niên kỳ”. Khi Yugi ghép các mảnh ghép lại với nhau, cậu bất ngờ biến thành “Vua trò chơi” với sức mạnh đáng kinh ngạc. Bây giờ, khi Yugi gặp khó khăn, “Vua trò chơi” sẽ xuất hiện để bảo vệ cậu và những người bạn thân.
