Câu chuyện diễn ra 30 năm sau những gì đã xảy ra trong anime. Khi đó, có một thằng nhóc lớp 5, tên là Nathan Adams, mới 11 tuổi nhưng đã sở hữu chiếc đồng hồ đeo tay siêu xịn có khả năng ra lệnh cho các Yo-kai. Cậu thường kết bạn với chúng và trải qua những cuộc phiêu lưu thật đáng nhớ. Thế nhưng, khi Nathan trưởng thành và kết hôn với Katie, cậu bất ngờ mất đi khả năng nhìn thấy các Yo-kai. Còn chiếc đồng hồ đeo tay ấy, giờ đây lại trở thành một mối đe dọa, có thể làm mất cân đối giữa thế giới con người và Yo-kai, vì vậy nó bị gạt sang bên lề, không ai nhắc đến nữa. Thời gian trôi đi, câu chuyện về chiếc đồng hồ cũng trở thành huyền thoại.
Nhưng mọi chuyện dần thay đổi khi một thử thách mới xuất hiện. Một loại virus Yo-kai mang tên Onimaro bắt đầu tấn công những kẻ có ý định xấu, khiến họ biến thành Kaodeka Oni và tạo ra sóng gió trong thành phố. Mọi thứ dường như đang tiến đến điểm không thể quay lại…
