Bộ phim này là sự kết hợp lại của ba bộ phim ngắn đến từ Nhật Bản. Trong phim, có một nhân vật gắn liền tên là Kari kể lại chuyện. Phân đoạn đầu tiên kể về lần đầu tiên mà Kari và Tai gặp một Digimon và cuộc chiến giữa Digimon của họ với một con Digimon khác. Hai đứa trẻ này đang chăm sóc một Digimon từ một quả trứng, nó lớn nhanh như thổi và trông giống khủng long. Thế rồi nó chạy trốn khỏi nhà và phải chạm trán với một Digimon như vẹt.
Tiếp theo là phân đoạn thứ hai, tập trung vào Tai và Izzy, một người bạn khác cùng nhóm digiDestined với anh. Ở đây có một loại virus máy tính creep vào internet, làm một digiEgg trở nên bị nhiễm bệnh và từ đó tạo ra một Digimon độc hại. Con Digimon này bắt đầu “gặm nhấm” toàn bộ thông tin và dữ liệu trên máy. Hai nhân vật chính cố gắng dọn dẹp thằng nhóc đó nhưng thất bại. Cuối cùng, Digimon bị nhiễm ấy cố tìm cách đột nhập vào hệ thống thông tin của Mỹ và phóng ra hai quả bom nguyên tử, một ở Nhật Bản và một ở Colorado. Lúc này, Tai và Izzy đã mời đồng đội của mình là Matt và em trai TK cùng tham gia. Họ rất quyết tâm đánh bại Digimon nhiễm bệnh và ngăn không cho những quả bom phát nổ.
Phân đoạn cuối cùng là về Kari và TK, giờ đã lớn hơn. Họ chứng kiến một đứa trẻ cùng với hai Digimon đang đánh nhau tại New York. Sau đó, Kari và TK quyết định theo chân đứa trẻ ấy, và bất ngờ phát hiện ra hắn chính là người đã tạo ra virus. Khi gặp lại nhóm bạn, họ chiến đấu với con quái vật xấu xa, mà hóa ra lại là một trong số những Digimon song sinh của Willis với hiện trạng bị virus chi phối. Cả bọn phối hợp lại để khắc chế Digimon bị nhiễm và tiêu diệt virus này, giúp Willis quay lại lại cuộc sống bình thường.
