Câu chuyện sắp tới diễn ra vào mùa đông năm 2028, ở một thành phố đang cố gắng hồi phục sau cuộc chiến. Tại Thành phố Cảng Mới, không khí căng thẳng bao trùm khi nhiều cuộc biểu tình nổ ra, liên quan đến lợi ích của các tập đoàn nước ngoài. Tình hình trở nên tồi tệ hơn khi có một vụ nổ súng giữa cảnh sát chống bạo động và người biểu tình. Tất cả khởi đầu từ một cuộc tấn công ầm ĩ do tên khủng bố “Fire Starter” thực hiện, gây ra sự hỗn loạn với cyberbrain.
Đứng đầu trong việc kiểm soát tình hình là một đơn vị độc lập do Makoto Kusanagi dẫn dắt, họ có nhiệm vụ dẹp loạn và tìm kiếm công lý theo cách riêng. Giữa những rắc rối đó, có hai nhân vật thú vị: “cô bé thiếc” tên Emma cùng với “gã bù nhìn” Burinda Junior. Khi Kusanagi tiến gần hơn đến việc giải quyết tình hình, cô cũng vô tình khám phá ra những điều mà hai hồn ma này đang săn lùng.
