Kaname Madoka và cô bạn thân của cô, Miki Sayaka, là hai cô gái học sinh cấp 2 sống bình thường ở thành phố Mitakihara. Một hôm, họ cứu được con mèo kỳ lạ có tên là Kyubey. Kyubey bảo với họ rằng nó có thể biến điều ước của họ thành hiện thực, nhưng đổi lại, họ phải trở thành Ma pháp thiếu nữ và đấu lại những con Ma nữ ác độc để bảo vệ thế giới. Trong lúc họ đang luyện tập với Tomoe Mami, một Ma pháp thiếu nữ giàu kinh nghiệm, thì Akemi Homura—cô bạn mới chuyển trường—xuất hiện và cảnh báo họ về Kyubey, bảo rằng không nên hợp tác với nó. Sau khi chứng kiến cảnh tượng chiến đấu tàn khốc với Ma nữ, Madoka và Sayaka quyết định không tham gia. Tuy nhiên, mọi chuyện trở nên căng thẳng hơn khi Sayaka đột nhiên đổi ý, quyết định lập giao ước để cứu giúp bạn bè. Vậy cuối cùng, các Ma pháp thiếu nữ sẽ phải trả giá như thế nào?
