Một hôm, có một phóng viên người Anh đang viết về những hoạt động bí mật của bọn Black Ops và Black Briar cùng những tay sai đứng sau đó. Cùng lúc đó, Jason Bourne, một cựu lính giỏi, đã nắm trong tay thông tin về Treadstone và Black Briar. Anh đã đưa thông tin này cho Pamela Landy, và bà Landy đã chuyển nó cho các phương tiện truyền thông. Khi những người đứng sau Treadstone và Black Briar biết việc này, họ không khỏi lo lắng về khả năng vụ việc nổ ra sẽ ảnh hưởng đến các hoạt động bí mật khác của họ. Họ quyết định rằng cách tốt nhất là hủy bỏ tất cả các phi vụ và làm cho những người có liên quan “biến mất”. Họ cố gắng tiếp cận Aaron Cross, một thành viên trong một chương trình khác gọi là Outcome, nhưng anh ta lại sống sót. Trong lúc tìm kiếm, Cross tìm gặp Tiến sĩ Marta Shearing, người đã hỗ trợ anh khi anh khởi đầu chương trình. Có điều là một phần của chương trình dành cho những người sử dụng thuốc, nhưng hiện giờ, anh đang không có nó, nên phải tìm cô ấy. Trong khi đó, có người tìm cách giết chết cô. Cross cứu được cô, và cô ấy thú nhận với anh rằng anh đã ngừng sử dụng thuốc từ lâu. Rồi cả hai quyết định đến Manila để cô có thể giúp anh. Tuy nhiên, những tay đứng sau chương trình Outcome lại phát hiện ra rằng Cross và Shearing vẫn còn sống, nên bắt đầu tìm cách triệt hạ họ.
