Stardust Dragon, lá bài huyền thoại của Yusei Fudo, bỗng dưng bị một gã đeo mặt nạ chiếm lấy. Lúc này, thành phố Neo Domino đang lâm vào tình trạng hỗn loạn. Trong khi đó, Yuki Judai lại phải đối mặt với những con rồng cực kỳ mạnh mẽ. Và cũng không thể không nhắc đến Yugi Mutou, lúc bấy giờ bầu trời bị che khuất bởi những bóng đen đáng sợ, khiến cho khu thương xá sập đổ, kéo theo cả những người dân bên dưới, trong đó có Pegasus và ông của Yugi, Sugoroku Mutou.
Thế tình hình thật nghiêm trọng, kẻ đeo mặt nạ kia là ai, hắn đang nhắm đến điều gì? Số phận của các Duel Monster và cả thế giới lâm nguy, giờ chỉ có 3 anh hùng của chúng ta mới có thể xoay chuyển cục diện. Một người sở hữu sức mạnh của Supreme King và Yubel, một người lại mang trong mình sức mạnh của Crimson Dragon, cùng với một người có linh hồn Pharaoh bí ẩn với sức mạnh từ trò chơi ngàn năm. Kịch tính đang chờ đợi, không ai biết điều gì sẽ xảy ra tiếp theo!
