“9” diễn ra trong một thế giới sau tận thế, nơi mà loài người đã bị hủy diệt bởi chính những cỗ máy mà họ tạo ra. Nhưng theo thời gian, những cỗ máy ấy cũng bắt đầu yếu dần vì thiếu hụt năng lượng. Thứ duy nhất giúp chúng tiếp tục tồn tại là nguồn sống, hay nói cách khác là linh hồn, được lưu giữ trong những con búp bê vải nhỏ xinh. Những búp bê này được một nhà khoa học bí ẩn chế tạo với hy vọng rằng, một ngày nào đó, sức mạnh của chúng sẽ có thể cứu vãn cả trái đất.
