Hết sức chật vật sau khi NERV không đạt được mục tiêu lấy lại Ngọn giáo Longinus và thực hiện Dự án Công cụ Con người, nạn hủy diệt do Tác động lần thứ tư dường như đã được quy về phe ta. Trong lúc mọi thứ đang lộn xộn, Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami và Rei Ayanami đã cùng nhau xuất hiện tại Làng 3, nơi có những người sống sót xung quanh, những ai đã thoát được khỏi cảnh hoang tàn của Trái đất.
