Hai năm đã trôi qua kể từ khi quân Tendoshuu xâm lăng nhà ga trung tâm O-Edo. Kể từ đó, nhóm Yorozuya đã chọn những con đường riêng. Nhận thấy sự quay trở lại của Utsuro, Gintoki Sakata bắt đầu tìm kiếm trên các đường ley của trái đất để tìm dấu tích của Altana của đối thủ. Sau một cuộc chạm trán với những kẻ còn sót lại của Tendoshuu—họ vẫn không ngừng tìm kiếm sự bất tử—Gintoki quyết định quay trở lại Edo. Sau đó, nhóm Shinsengumi trở lại và cùng với Yorozuya chuẩn bị tấn công nhà ga trung tâm đang bị chiếm đóng. Khi Altana lấy được từ xác tàu của quân Tendoshuu cận kề với vụ nổ, nhóm Yorozuya và các đồng minh phải đối đầu với kẻ thù trong khi vận mệnh của Edo và cả thế giới treo lơ lửng. Để thực hiện tâm nguyện của thầy mình, các học trò cũ của Shouyou Yoshida đã đoàn kết lại và cùng nhau sống lại ký ức một lần cuối nhằm cứu lấy tương lai của họ.
