“Nữ Thư Ký” khai thác mối quan hệ đầy cảm xúc và khát khao giữa một cô thư ký xinh đẹp mang tên Lee Holloway (do Maggie Gyllenhaal thủ vai) và ông sếp của cô, luật sư E. Edward Grey (James Spader). Lee là kiểu phụ nữ nhạy cảm, vừa ra viện sau một thời gian điều trị về tâm lý. Giờ đây, cô quyết định trở lại trường để học nghề thư ký, nhằm trau dồi kỹ năng và sau này dễ tìm được việc làm cho mình.